Usar PHP como un binario CGI es una opción para configuraciones que por alguna razón no desean integrar PHP como un módulo dentro del software de servidor (como Apache), o usarán PHP con diferentes tipos de envoltorios CGI para crear entornos seguros chroot y setuid para scripts. Esta configuración usualmente involucra la instalación del binario ejecutable de PHP en el directorio cgi-bin del servidor web. La recomendación » CA-96.11 del CERT recomienda que está en contra de colocar cualquiera de los intérpretes dentro de cgi-bin. Aún si el binario de PHP puede ser usado como un intérprete independiente, PHP está diseñado para prevenir los ataques que esta configuración hace posible: